He visto cosas que vosotros no creeríais

Aunque todavía nos queda camino por recorrer, ya reunimos los conocimientos y herramientas necesarias para escribir documentos de calidad. Ha llegado el momento de dar un paso más allá. A lo largo de este módulo aprenderemos a crear nuestros propios proyectos y comenzaremos explorar el vasto mundo de los outputs o formatos de salida para el lector. También examinaremos con mayor detenimiento algunos componentes tales como fórmulas, tablas y figuras, nos enfrentaremos a otros elementos, que hasta ahora hemos eludido, como los chunks o bloques de código. En resumen, vamos a pasar de escribir textos a elaborar documentos.

Gestionando un proyecto

Creando un proyecto

Antes de ponernos manos a la obra, vamos a dedicar unos minutos a inspeccionar las posibles alternativas que disponemos para crear nuestros proyectos. Primeramente haz clic en Files y luego selecciona New Project; puedes hacer lo mismo desde la barra de herramientas, clicando sobre el segundo botón desde la izquierda: . Aparecerá una ventana con tres opciones:

  • Crear un proyecto en un nuevo directorio: Seguramente se trate de la decisión más frecuente. Tendremos la oportunidad de elegir entre varios tipos de proyecto predefinidos, tales como paquetes de software o páginas web como la que aloja los materiales del curso; aunque de momento solamente nos interesa la primera opción, la de crear un proyecto genérico. En cualquier caso debemos nombrar nuestro nuevo directorio y elegir la ruta dónde lo colocamos; este contendrá un fichero de extensión .Rproj con la configuración del proyecto y el mismo nombre del directorio del proyecto.

  • Crear un proyecto en un directorio existente: También puede darse el caso de que ya dispongamos de un directorio con ficheros en fase de producción y queramos vincularlos como un proyecto de RStudio. Cualquier momento es bueno para pasarse a R y RStudio ;-). En este caso, simplemente tendremos que indicar cuál es la ruta del directorio en cuestión.

  • Obtener un proyecto de un repositorio de control de versiones: Esta esa una opción de enorme valor para gestionar nuestro proyecto de forma eficiente y segura. Por ahora solamente queremos que sepas de su existencia de esta interesante opción. Abordaremos esta cuestión en el Módulo 6, el módulo extra para los más interesados.

Personalización de un proyecto

Una vez creado el proyecto, puedes personalizar algunos aspectos de la configuración del mismo haciendo clic sobre el fichero .Rproj. También puedes modificar esta si abres el fichero .Rproj de un proyecto ya existente, pero para ello tienes que estar en él previamente. Podrás observar que las opciones de configuración disponibles son bastante limitadas en comparación con las opciones globales de RStudio (Tools -> Global options). Sin embargo, la configuración del proyecto predomina sobre la equivalente del programa RStudio, prevaleciendo la configuración establecida en el proyecto cuando esté abierto.

Veamos algunas de las principales opciones de configuración que te pueden interesar:

  • Opciones del proyecto:

    • Code Editing: Entre otras opciones, permite seleccionar el número de espacios del tabulador y cambiar la codificación de caracteres o encoding.
  • Opciones de RStudio:

    • Appareance: Da opción a establecer el tamaño y tipografía de la fuente del editor, modificar la apariencia de RStudio y el editor de texto a través de diferentes temas y cambiar el zoom del entorno del programa.

      En el caso de que optes por cambiar la fuente, asegúrate de utilizar una adecuada a tus necesidades visuales, por ejemplo: OpenDyslexicMono puede ayudar a personas con dislexia. Al combinar una fuente con un tema adecuado para nuestros gustos o requerimientos el entorno de trabajo resultante puede ser muy cómodo, pero si no tienes necesidades y no quieres perder el tiempo: no lo toques.

    • Spelling: Posibilita la selección de un diccionario para revisar la ortografía del texto. Inicialmente deben instalarse, desde el botón Add, las lenguas distintas al inglés, que es el que viene por defecto.

Plantillas disponibles

Instalación general

Los paquetes de la familia de R Markdown que te pueden ser útiles:

  • knitr: A General-Purpose Package for Dynamic Report Generation in R
    Paquete para la generación de documentos dinámicos con R.

  • rmarkdown: Dynamic Documents for R
    Para la generación de documentos desde R.

  • tinytex: Helper Functions to Install and Maintain ‘TeX Live’, and Compile ‘LaTeX’ Documents
    Ayuda a la instalación del sistema \(\LaTeX\) en los distintos sistemas operativos.

  • rticles: Article Formats for R Markdown
    Formatos para crear artículos (ver la lista).

  • xaringan: Presentation Ninja
    Para preparar presentación de alta calidad (ver un ejemplo).

  • bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown
    Para la elaboración de libros y documentos largos (ver ejemplos).

  • blogdown: Create Blogs and Websites with R Markdown
    Para crear tu propio blog desde rstudio y con Rmarkdown.

Otros Paquetes

  • Otros paquetes para artículos

    • pinp: ‘pinp’ is not ‘PNAS’
      Para crear textos con el formato de PNAS (ver ejemplo).

    • radix: ‘R Markdown’ Format for Scientific and Technical Writing
      Documentos técnicos destinados a la web.

  • Otros paquetes para informes

    • memor: A ‘rmarkdown’ Template that Can be Highly Customized
      Para crear informes con posibilidad de personalizar (ver ejemplo).

    • tufterhandout: Tufte-style html document format for rmarkdown
      Elegante plantilla para documentos en la web o en pdf (ver ejemplo).

  • Otros documentos y aplicaciones

    • pagedown: Paginate the HTML Output of R Markdown with CSS for Print
      Para imprimir documentos html con alta calidad.

    • vitae: Curriculum Vitae for R Markdown
      Plantilla muy avanzada para la elaboración de curriculum vitae.

  • Complementos para RStudio

Manos a la obra

Vamos a trabajar distintos aspectos relacionados con los tipos de outputs y cómo editar la información para un resultado adecuado. Descarga el fichero editColaAvanzado.zip.

Plantillas o Templates

Repaso de algunos conceptos y la instalación de plantillas disponibles.

Chunks: Tablas y gráficos

Vamos a incluir R en nuestros documentos, así aumentaremos nuestra potencia con la inclusión de: otros documentos, tablas y figuras con encabezados y pies, …

Un poco de html y de \(\LaTeX\)

Los distintos outputs van a ser, en la mayor parte de las veces, visualizados con la ayuda de un navegador (html) o llevados a pdf (\(\LaTeX\)). Algunos elementos de esos lenguajes pueden proporcionar una ayuda clave en casos especiales.

Artículos, memorias y presentaciones

Tres opciones de documentos que pueden realizarse con la ayuda de plantillas disponibles en la red.

Resumen

En el módulo anterior empezamos a generar documentos. Ahora que has terminado este módulo debes ser capaz de llevar un pasó más allá la personalización de tus documentos a través de diferentes estrategias. Habrás aprendido el manejo básico de algunos elementos como las plantillas o templates, los bloques de código o chunks y otros lenguajes de marcas, tales como \(\LaTeX\) y html.

Referencias