Empieza el viaje

Hoy día hablamos de documentos digitales y si bien estos pueden llevarse al papel nuestra imagen de un documento es la de un fichero informático. Así, para elaborar un documento pasamos del pensamiento a ficheros de trabajo y, posteriormente, construimos los documentos. Si queremos escribir un texto y que el resultado esté disponible para mi y otros lectores en un formato dado o un output determinado, por ejemplo un pdf, entonces pasamos de las ideas al documento final mediante un determinado procedimiento.

Pero, no podemos escribir un fichero en pdf directamente, necesitamos un conjunto de pasos intermedios y de ficheros intermedios (textos, imágenes, tablas, datos, referencias bibliográficas, …) Precisamente la interrogante de la figura es el objeto del curso.

En este módulo vamos a centrarnos en la creación de los textos, para construirlos necesitamos programas y hay alternativas. La elección fundamental es optar por un editor de textos o por un procesador de textos, pueden parecer sinónimos, pero no, hay importantes diferencias.

Hablamos de editores de textos para referirnos a programas, más o menos sofisticados que permiten organizar caracteres en líneas y llevar esta información a un fichero. Pueden ser muy sencillos como el block de notas de Windows, un poco más potentes como nano, gedit, … o muy sofisticados como emacs, vim, … Algunos editores están desarrollados para tareas específicas, como por ejemplo TexMaker, o se presentan en marco de una interfaz gráfica para usuarios (graphical user interface o, abreviadamente, GUI) destinada a facilitar determinadas tareas de edición.

Entre los procesadores de textos, programas también para crear y editar documentos con la diferencia que se les puede incluir formato no necesariamente texto plano. Hay muchos para elegir que son parecidos, uno de los más utilizados: el programa Word de la suite informática Office de la empresa Microsoft. Pero existen otras alternativas, por ejemplo, writer de Open office, o google docs.

Tomando una decisión

Pero, ¿cuál elegir? ¿qué ventajas tiene una alternativa y cuáles la otra?

No se trata de una decisión ciega, en buena parte depende de la experiencia personal y del tipo de proyectos que se abordan. Textos complejos con figuras, tablas o el manejo de distintas tipografías, son elementos que parecen hacer recomendable el uso de procesadores de texto. La mayor parte de los seres humanos se han acostumbrado a la dependencia de los iconos para poner negritas o cursivas, cambiar el tamaño de la fuente, los márgenes, etc. Se trata de un procedimiento de trabajo en el que vamos creando el texto tal como queremos presentarlo al lector. Aparentemente, el uso de estos de estos programas es fácil y amigables, pero solo en apariencia. Por otro lado, los cambios en el programa o en la configuración entre distintos ordenadores pueden terminar atándonos a nuestro dispositivo habitual. Reunir textos de orígenes distintos, bien sea por estar creados por distintos autores o en distintos ordenadores, suele terminar con un buen dolor de cabeza y muchas horas de trabajo. Para evitar esta clase de infortunios, terminamos dedicando mucho tiempo al aprendizaje y el uso correcto de la herramienta o programa en cuestión. Este curso está dirigido a estudiantes e investigadores que habitualmente manejan numerosos ficheros, tanto de texto como de otros tipos, en cuya elaboración participan distintos autores. Por lo tanto, parece razonable huir de los procesadores de texto como herramienta básica para la confección de documentos.

La alternativa que proponemos es recurrir a textos planos, creados con un editor y que pueden ser manejados por distintos programas de edición sin que se altere el contenido. Para indicar las distintas características del texto, por ejemplo que una palabra va en cursiva, recurrimos a una marca de inicio de cursiva y otra de fin; para distintos lenguajes de marcas pueden utilizarse distintas marcas.

Cursiva Subíndice Encabezado 1
html <i>cursiva</i> H<sub>2</sub>O <h1 id="cabecera-1">Cabecera 1</h1>
LaTeX \textit{cursiva} H\textsubscript{2}O \section{Cabecera 1}
markdown *cursiva* H~2~O # Cabecera 1
org /cursiva/ H_{2}O * Cabecera 1
docuwiki /cursiva/ H<sub>2</sub>O ====== Cabecera 1 ======

Comparación entre distintos lenguajes de marcas.

Queremos un lenguaje de marcas minimalista, es decir, que permita su aprendizaje en unas pocas horas y que permita crear todos los textos necesarios.

En resumen nuestra opción es:

  1. Escribir la información en texto plano marcado con un lenguaje adecuado.
  2. Los ficheros creados son para facilitar el trabajo del autor y permitir la reutilización del trabajo realizado.
  3. Utilizar el sistema para “traducir” los textos, en un proceso denominado compilación, a documentos destinados a lectores.

Nuestra opción como lenguaje de marcado es Markdown que cumple las condiciones dadas y, además, si se une al lenguaje de programación R, R Markdown, nos multiplica el potencial de trabajo. Es este vídeo puedes ver un resumen del potencial elegido.

Resultado

Tenemos herramientas que van a dotarnos de un procedimiento de trabajo, workflow, y de una infraestructura para desarrollarlo, workframe.

Vamos a apostar por software libre y queremos toda la potencia que pueda llevarnos una metodología de investigación reproducible.

Manos a la obra

Vamos a ver ahora los distintos conceptos, procedimientos básicos y programas que necesitamos.

Ficheros y directorios

En este documento abordaremos las buenas prácticas para la organización la información en soporte digital, ya sea en discos duros locales o en la nube.

  • Organización de la información
  • Reglas de etiquetado de los ficheros
  • Sistemas de codificación o encoding

Primeros pasos con markdown

Vamos trabajar los aspectos más básicos de un documento en markdown, como tenemos la libertad de editar con cualquier editor, y como organizar los textos de una forma muy sencilla.

RStudio y R Markdown

  • Instalación de R y Rstudio
  • Creación de un primer documento con de Rstudio y creación de output en html.

Resumen

Has dado tus primeros pasos, puedes escribir tus textos con cualquier programa y sin necesidad de grandes recursos tecnológicos: un editor y unas pocas reglas.

Referencias

  • Insistimos, muchos de los términos que han aparecido en este módulo tienen su entrada en la Wikipedia, úsala.
  • Para ansiosos, consulta es quick tour en rstudio.
  • Para curiosos, aquí tienes un extenso archivo de libros de acceso libre hechos con R Markdown:
    El archivo de bookdown.org
    Encontraras libros de todo tipo: estadística y análisis de datos, epidemiología, economía, ajedrez, cocina, música, …
    En varios idiomas: inglés, alemán, polaco, español, ruso, chino, … Con distintos formatos.