Intro

Antes de abordar el tema de las plantillas o templates, vamos a tratar someramente algunos asuntos relacionados con la gestión de los paquetes de R y con las opciones del YAML. Por un lado vamos a requerir ciertos paquetes antes de poder usar los templates y, por el otro, vamos a necesitar modificar los metadatos de los ficheros para personalizar nuestros documentos.

Instalando paquetes

RStudio cuenta con asistente para la instalación de paquetes que puedes encontrar la pestaña Packages del panel inferior derecho. En esta pestaña encontrarás tres botones, aunque ahora solamente nos interesa el botón .

Si haces clic sobre él, aparecerá un cuadro de diálogo donde puedes escribir el nombre del paquete que deseas instalar. Mientras tecleas aparecerá un desplegable con una lista de librerías cuyo nombre contiene los caracteres que has introducido; esto puede resultar útil si no conoces el nombre completo del paquete. Una vez tecleado el nombre de la librería, simplemente tendrás que pulsar el botón Install, en la parte inferior del cuadro.



En la entrada del módulo 3 se lista una cantidad considerable de paquetes que pueden resultarte útiles. Te animamos a que le eches un vistazo a todos, aunque por el momento solamente necesitarás instalar los paquetes de la lista instalación general y pinp.

¡Recuerda!

Es importante que tu software esté actualizado. Para mantener al día los paquetes instalados puedes utilizar el botón .



Opciones del YAML

Cuando generamos un fichero Rmd nos encontramos con un YAML básico donde se especifica el título del documento, el autor del mismo, la fecha de generación del fichero y el formato del output, en este caso un pdf:

---
title: "Título del documento"
author: "Nombre del autor"
date: "20 de enero de 2019"
output: pdf_document
---

Si haces clic sobre el botón y seleccionas Output Options, podrás definir algunos parámetros adicionales para tu documento de salida. Fíjate en que podemos establecer diferentes opciones dependiendo del formato en el que vamos a generar el documento:

---
title: "Título del documento"
author: "Nombre del autor"
date: "20 de enero de 2019"
output:                    # Esto es un comentario
  pdf_document: 
    fig_height: 6.5        # Altura por defecto de todas las figuras generadas por un chunk: pulgadas
    fig_width: 5.5         # Anchura por defecto de todas las figuras generadas por un chunk: pulgadas
  html_document: 
    fig_caption: yes       # Incluir pie en las figuras: yes/no
    number_sections: yes   # Numerar secciones : yes/no
    toc: yes               # Incluir tabla de contenidos: yes/no 
    theme: cerulean        # Tema del documento: varias opciones posibles
--- 

El procedimiento anterior nos permite modificar el YAML de nuestro fichero de forma indirecta a través de un cuadro de diálogo. Sin embargo, existe una gran cantidad de opciones que solamente podemos incluir en el YAML si las escribimos directamente. Algunas de estas opciones únicamente serán válidas para documentos de un formato específico, por ejemplo, el opción theme es válida para html y no para pdf.

Tienes disponible una chuleta o cheats sheet en la que podrás encontrar todas las opciones de Pandoc que puedes insertar en el YAML de tu fichero. Échale un vistazo y luego responde a la pregunta.

Responde

Primera plantilla

A través de la instalación de algunos paquetes, RStudio pone a nuestra disposición una gran cantidad de templates dirigidos a la generación diferentes documentos. Realizaremos una primera toma de contacto con estas plantillas a través de un documento de ejemplo que ofrece la librería pinp. Como verás a continuación, se trata de un artículo a dos columnas que incluye muchos de los elementos con los que trabajamos en el curso: figuras, bloques de código, fórmulas, enlaces, bibliografía, etc.



Para utilizar una plantilla debes seguir los siguientes pasos:

  1. Crea un documento Rmd. Clica sobre el botón y escoge R Markdown.

  2. En el cuadro de diálogo, selecciona From Template e indica la plantilla que quieres emplear. En nuestro caso es: Pinp Is Not PNAS Two–Column Article (PDF).

  3. Define un nombre para el nuevo directorio que se va a generar y escoge dónde guardarlo. De forma automática, aquí se van a guardar varios ficheros, incluyendo un fichero con un ejemplo en formato Rmd; que aparecerá directamente en el editor.

  4. Teje el fichero Rmd de ejemplo, o modifícalo para elaborar tu propio documento. También puedes conservar el Rmd original y crear uno nuevo dentro del mismo directorio.

  5. Cuidado. Hemos generando un nuevo directorio pero no un nuevo proyecto. Resultaría conveniente que asociaras un proyecto al directorio de la plantilla.

Si descargas y descomprimes el fichero editColaAvanzado.zip encontrarás el directorio plantillaPinp. Este directorio contiene el archivo ejemploPinp.Rmd, un fichero de ejemplo proporcionado por el paquete pinp; y el archivo ejemploPinpSpa.Rmd, con la traducción del fichero anterior, por si fuera necesario. Inspecciona el fichero ejemploPinp.Rmd y lee el documento en ejemploPinp.pdf, o su versión en castellano.

Si te fijas en el YAML de esta y otras plantillas, podrás observar que existen opciones específicas del template en cuestión. En algunas ocasiones encontrarás comentarios que te indican cómo funcionan estos parámetros, en otros casos tendrás que recurrir a la documentación del paquete oportuno.

Responde

editCola: Módulo 3

00Rteam versión: 29/01/20—14:58:38

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